苏格兰纯麦威士忌的蒸馏，一般会分成两次。第一次是在大型的壶式蒸馏锅中进行，原酒经预热后导入到加热炉中加热至沸腾，因为酒精的沸点比水低，所以酒精会首先变成蒸汽蒸发出来，在加热炉顶部的天鹅颈（Swan Neck）重新凝结成酒精液体，冷凝后即得到了低度酒，酒精含量在10%到20%之间。第二次蒸馏是在一个较小型的壶式蒸馏锅中进行，这种蒸馏锅又称为烈酒蒸馏锅（Spirit Stills），经过这次蒸馏后的酒液，就成为了纯麦威士忌的雏形，酒精含量在70%左右。当然这些酒液还不能称为威士忌，因为苏格兰法律规定威士忌蒸馏后必须至少陈酿3年。

在第二次蒸馏过程中，最先蒸发出来的酒液称为“酒头（Heads或foreshots）”，酒头里面含有很多有毒物质（如甲醇）。酒头过后即为中馏部分，称之为“酒心（hearts或spirit）”，酒心中包含有最高浓度的乙醇，而且杂质最少。那些最后蒸馏出来的称为“酒尾（tails或feints）”。酒心可以被直接利用，转移到橡木桶中陈酿，而酒头和酒尾会再次回到蒸馏锅中进行重新蒸馏，以便充分利用其中的乙醇。

　　为了提升所蒸馏出来的酒液的纯净度，有的酒厂会进行第三次蒸馏，也有的酒厂会在蒸馏锅上加装净化设备来滤除酒液中的杂质，但是无论如何，采用壶式蒸馏锅进行蒸馏所得到的威士忌，其纯度往往都很难得到保证。不过很多的专家指出，正是壶式蒸馏锅的这种“缺陷”赋予了苏格兰纯麦威士忌与众不同的个性，塔式蒸馏锅虽然蒸馏效率非常高，纯净度也很高，但是这牺牲的往往是苏格兰纯麦威士忌的个性特点，可能这也是苏格兰法律规定必须使用壶式蒸馏锅的原因所在。